Rangka kerja GII dibahagikan kepada dua (2) Sub-Indeks: Input Inovasi dan Output Inovasi. Butirannya adalah seperti berikut:
- Sub-Indeks Input Inovasi: Terdiri daripada lima (5) tonggak iaitu Institusi, Modal Insan dan penyelidikan, Infrastruktur, Kecanggihan Pasaran, dan Kecanggihan Perniagaan.
- Sub-Indeks Output Inovasi: Terdiri daripada dua (2) tunjang iaitu Output Pengetahuan dan teknologi, dan Output Kreatif.
